離婚するためには夫婦間で協議を行い，合意できない場合には調停を行う必要があり，調停が不成立となった場合には，訴訟を提起する必要があります。
訴訟では，民法に定められた離婚原因（不貞行為など）がある場合にのみ，離婚の判決が出ることになりますが，その一つに，「婚姻を継続し難い重大な事由」というものがあり，単なる性格の不一致などでは離婚は認められません。
別居期間が長期に及んでいる場合には，婚姻関係がすでに破綻している＝婚姻を継続し難い重大な事由があるということで，離婚が認められる場合もあり得ますが，婚姻期間が極めて短いなどの事情がない限り，数か月程度の別居では，婚姻関係が破綻しているとはされないことが多いでしょう。
したがって，現段階では，離婚したくないということであれば，強制的に離婚ということにはならない可能性が高いといえます。
ただし，別居期間が長期になれば，離婚が認められる可能性が高くなりますし，婚姻期間中は，婚姻費用（生活費）の負担義務が生じるので，その点は注意が必要です。
子どもに会えない点については，面会交流の調停を裁判所に申し立てることが考えられます。
面会交流の調停では，どのような面会交流を行うか（頻度，時間，方法など）を話し合いますが，合意ができない場合には，審判という裁判所による判断手続に自動的に移行し，裁判所によって面会交流について決定がなされます。
なお，面会交流の調停・審判では，必要に応じて，家庭裁判所調査官による調査が行われ，子らの意向確認等が行われる場合があります。
